نظام‌نامه علمی حوزه علمیه بقیه الله عج، نتیجه تلاش شایسته‌ای است که با هدف ارتقای سطح علمی طلبگی و سامان‌بخشی به سیر تشکیل هویت علمی آنان صورت گرفته است. این اثر، کوششی ارزشمند برای تبیین الگویی جامع و کارآمد بر مبنای آموزه‌های امامین انقلاب اسلامی در حوزه‌های چهارگانه عرفان، فلسفه، اصول و فقه محسوب می‌شود.
در بخش عرفان، جایگاه ویژه عرفان نظری و عملی امام خمینی و آرای ارزشمند ایشان مورد تأکید قرار گرفته است. این موضوع نشان‌دهنده اهمیت تربیت عرفانی طلاب به منظور دستیابی به معرفت و شناخت حقیقی است.
در بخش فلسفه، تفکر صدرایی و فلسفه اسلامی به عنوان مبنای فکری طلبگی معرفی شده‌اند. این رویکرد ضمن تأکید بر جایگاه اندیشه فلسفی در تشکیل هویت علمی، بر لزوم بهره‌مندی از ظرفیت‌های فلسفه اسلامی در پاسخگویی به نیازهای عصر حاضر نیز تأکید دارد.
علاوه بر این، در بخش اصول، نقش کلیدی اصول فقه در استنباط صحیح احکام و ضرورت کاربردی کردن آن مدنظر قرار گرفته است. همچنین در بخش فقه، تأکید بر فقه پویا و کاربردی بر اساس آموزه‌های امام خمینی و رهنمودهای مقام معظم رهبری از ویژگی‌های برجسته این نظام‌نامه به شمار می‌رود.
در مجموع، نظام‌نامه علمی تدوین شده می‌تواند الگویی جامع و کارآمد برای سامان‌بخشی به سیر تحصیل و تربیت طلاب بر مبنای آموزه‌های ژرف و ارزشمند امامین انقلاب باشد. امید است اجرای این نظام‌نامه بتواند گامی مؤثر در جهت اعتلای مرجعیت علمی حوزه بقیه‌الله عج باشد.